Niekorzystne działanie ogólnoustrojowe alkoholu nie oszczędza również mechanizmów i systemów odpornościowych organizmu. Przewlekłe używanie alkoholu może wiązać się z zaburzeniami funkcji błony śluzowej układu oddechowego, i tym samym z osłabieniem jej systemów obronnych, co wiąże się ze zwiększeniem ryzyka infekcji dróg oddechowych. Skłonność do infekcji potęgują również niedobory witaminowe i żywieniowe oraz uzależnienie od tytoniu (co często towarzyszy problemom alkoholowym). Alkohol łączony z lekami mającymi szkodliwe działanie na szpik kostny może przyczyniać się dodatkowo do zwiększenia ryzyka agranulocytozy i załamania odporności organizmu. Prozapalne działanie metabolitów alkoholu i uszkadzanie tkanek przez alkohol może natomiast prowadzić do nasilenia i pogorszenia przebiegu chorób autoimmunologicznych.
